La relation entre Leon et Mathilda est plutôt compliquée et constitue à peu près la pierre angulaire de tout le film.
On dit que Léon est mentalement handicapé à un certain titre. Il ne sait pas lire et malgré ses prouesses d'assassin, il est très naïf et est facilement trompé par Tony (et Mathilda). Il a également des problèmes d'intimité et de laisser les gens se rapprocher de lui. Son seul véritable ami avant Mathilda était sa plante. Au début, il a beaucoup lutté pour permettre à Mathilda d'entrer dans sa vie, allant jusqu'à tenter de la tuer pendant qu'elle dormait. Bientôt, Mathilda devient son amie et une fille de substitution.
Mathilda, en revanche, est intelligente et avisée au-delà de ses années. Elle vient d'un foyer dysfonctionnel où elle est méprisée par tout le monde. Elle aussi n'a pas de vrais amis. Elle est affamée de contact humain que la tentative passagère de bavardage de Léon la pousse immédiatement à s'accrocher à lui et lui propose de lui faire ses courses. Finalement, au fur et à mesure que sa relation avec Leon progresse, elle tombe amoureuse de lui. Léon (et le public) doivent se demander s'il s'agit d'une véritable attraction ou simplement d'un engouement pour la seule figure adulte qui a été gentille avec elle.
Les deux êtres humains brisés se rassemblent et forment une famille. unité de tri. Pour un public habitué aux familles normales , une très jeune fille qui a le béguin pour un tueur à gages mentalement et émotionnellement défié est très inconfortable. En fait, le public d'essai américain était si mal à l'aise qu'une scène où Mathilda propose (sans succès) à Leon de coucher avec elle a été coupée pour la sortie américaine. On pourrait dire que cet inconfort est une partie intentionnelle du film.